Bueno veo que ya solucionaste la entrada de agua por la puerta, tambien por la entrada de aire central, ocurre que al estar tapado el desague, se llena y entra por donde esta el ventilador y de ahi para las toberas que distribuyen el aire, puede ser esa una opcion.
En cuanto a las fotos que te prometi, del burlete no puedo sacar porque lo tengo cementado con la masilla negra que mencione anteriormente, y ademas no tiene mucho sentido ya que si rebisaste y no encontraste los desagües la entrada puede estar tambien por entre el burlete y la chapa, o el burlete y el vidrio como dije mas arriba, por lo tanto te dejo le link de como se saca el motor del limpiaparabrisas, y aunque no tenga nada que ver hay fotos que te van a servir ya que muestran la zona que mencione detras de la bateria, la entrada de aire central y detras de la auxiliar, donde se ecuentra es aislante y unas chapas negras por detras, retirando eso llegas al lugar en cuestión:
motor-del-limpiaparabrisas-vt1181.html
Espero te sirva.